Разработчики Episode One сосредотачивались на боевом напарнике и друге Гордона Фримена — Аликс Вэнс и на её сопровождении игрока, можно сказать, всю игру. Робин Волкер, лидер проекта, в статье об Episode One в журнале PC Gamer UK замечает: «Забавно, что хотя очень много тем в Half-Life 2 посвящено другим персонажам, большую часть игры вы всё равно проходили в одиночку». При всех улучшениях искусственного интеллекта и интерактивности персонажа, Valve старалась делать образ Аликс не только реалистичным, но и не затрудняющим действия и решения игрока и не досаждающем ему: игрок должен был выступать в роли ведущего и прокладывающего путь, а Аликс в то время идти за ним и оказывать необходимую помощь. В игре есть битвы, в которых игрок сроднен классическому образу героя и сражается в основном один, а Аликс либо получает роль наблюдателя, либо прикрывает игрока.
Когда игра находилась в начальной стадии разработки, журнал PC Gamer UK, опубликовав первые новости о ней, предположил, что в Episode One игроку достанется роль Аликс Вэнс. Многие люди согласились с этим, видя на коробке с игрой Аликс и ориентируясь на другие коробки игр серии Half-Life, где были изображены непосредственно те персонажи, за которых придётся играть. Но на самом деле игрок по-прежнему остаётся Гордоном Фрименом, так как Valve всегда доверяло создание игр Half-Life с другими персонажами стороннему разработчику (например, дополнения Opposing Force, Blue Shift и Decay были произведены фирмой Gearbox Software, в то время как Valve издавала эти игры).
В ходе создания игра носила название Half-Life 2: Aftermath (англ. aftermath — «последствия»). Спустя некоторое время оно было переименовано в Episode One, чтобы подтвердить новую политику эпизодичности, которую ведёт Valve. Это также объяснилось в феврале и мае 2006 года новостями о новой трилогии эпизодов, замещающих полноценное продолжение.
До разработки первого эпизода графический дизайн и сюжет игр Half-Life и Half-Life 2 придумывались исключительно Марком Лэйдлоу, сценаристом из Valve. Сюжеты же эпизодов Half-Life 2 совместно написаны Лэйдлоу, Четом Фэлизеком и Эриком Джонсоном. При этом руководство группой предоставлялось Марку Лэйдлоу.
Дата выхода Half-Life 2: Episode One множество раз переносилась. О первом времени выпуска игры сообщил журнал PC Gamer — на начало лета 2005 года, что позже было обещано и самой Valve. Через некоторое время дата была перенесена на осень того же года,а затем на 26 января 2006 года — в составе набора Half-Life 2: Platinum Edition, выпускаемого фирмой Electronic Arts; выпуск эпизода осенью был замещён выходом параллельно разрабатываемой демонстрационной карты Lost Coast. Однако уже вначале января дата вновь была перенесена — на 24 апреля, к которому был обещан выпуск Episode One не только в составе набора, но и как отдельного продукта. Наконец, последний раз релиз был перенесён на 31 мая, официально игра вышла на следующий день.
Игра стала доступной для предварительной загрузки и приобретения через Steam 1 мая 2006 года вместе с Half-Life 2: Deathmatch и Half-Life Deathmatch: Source. Изначально Episode One был доступен за $19.95, теперь цена составляет $9.95. Игра также распространяется через традиционные розничные каналы фирмой Electronic Arts, как отдельное издание, так и в составе Half-Life 2: Platinum Collection.
Финальная битва в главе «Обездоленные» после выпуска игры была скорректирована обновлением. Основываясь на статистике игры, собираемой с игроков через Steam, разработчики узнали, что большинство из них испытывало трудности, ожидая лифт и отбиваясь при этом от бесконечных толп зомби. Поэтому, 7 июля 2006 года (приблизительно через месяц после выхода игры) Valve выпустило обновление для Steam, которое добавляло дополнительные аптечки, различные предметы для гравипушки и патроны для дробовика на карту с полем боя. Также разработчики немного уменьшили число зомби, атакующих игрока.