Главная особенность второго эпизода — большие открытые пространства; лесная местность даёт игроку свободно путешествовать на новом автомобиле, а геймплей становится менее линейным: согласно задумке, с разнообразной тактикой ведения боя каждая битва будет непохожа на предыдущую. Кроме лесных территорий, игрок пройдёт заброшенные шахты, гнездо муравьиных львов и ракетную базу — все эти локации так же будут отличаться своей масштабностью.
Во втором эпизоде нет такого сосредоточения на кооперативной игре, как в первом: хотя сюжетно игрок проходит всю игру вместе со своей напарницей Аликс Вэнс, во многих игровых событиях она по тем или иным причинам не принимает участия. Кроме Аликс, игроку предстоит сражаться бок о бок с дружественными вортигонтами.
В Episode Two был немного изменён инвентарь игрока: фонарик теперь работает на независимой от HEV-костюма Фримена батарее. Разработчики расширили круг использования гравипушки: помимо применения её вместе с бомбами для страйдеров, было добавлено множество новых объектов, которые можно запускать во врага.