Сюжет эпизода начинается там, где заканчивается Episode One. После взрыва Цитадели поезд, на котором уезжали Гордон Фримен и Аликс Вэнс, попадает под взрывную волну и терпит крушение. Им приходится добираться до главной базы Сопротивления — комплекса «Белая Роща» — своими силами. Главная цель — доставить в Белую Рощу данные, добытые в Цитадели, где содержатся секретные планы руководства Альянса, а также код частоты сверхпортала, образовавшегося над разрушенным Сити 17. Этот портал должен вновь прочно связать Землю и вселенную Альянса, что грозит человечеству приходом подкрепления инопланетных захватчиков и повторением Семичасовой войны («Если он наберёт полную силу то повторится Семичасовая война. Только на этот раз нам не продержаться и семи минут…» — Илай Вэнс). Однако, используя код частоты волны портала, у повстанцев есть возможность закрыть его при помощи ракеты со спутником, на котором установлен «зен-резонатор», запустив его из Белой Рощи. Но все усугубляется тем, что разведка Альянса обнаружила базу и туда уже направляется ударная армия. Фримен и Аликс вынуждены поторопиться, чтобы успеть доставить данные и предупредить повстанцев о надвигающейся угрозе.

Главы

Глава 1: В Белую Рощу (англ. To the White Forest)
Фримен приходит в себя внутри вагона поезда, потерпевшего крушение. Продвигаясь по поезду, он видит снаружи Аликс, которая, используя грави-пушку, помогает Гордону выбраться из вагона. Выйдя на открытое пространство, они наблюдают зарождение сверхпортала над руинами Сити 17 и связываются со штабом повстанцев, Белой Рощей, где укрылись отец Аликс Илай Вэнс, учёный Айзек Кляйнер и их старый коллега по Чёрной Мезе, доктор Арнольд Магнуссон; все вместе они руководят сборкой ракеты, при помощи которой планируют закрыть портал. Узнав от Аликс, что у них в наличии данные, украденные из главного суперкомпьютера Цитадели, доктор Магнуссон призывает её как можно скорее доставить их ему, а сам ускоряет подготовку ракеты к запуску.
Около заброшенной угледобывающей шахты «Имени 50-летия Победы» на героев нападает боевой синтет Альянса — охотник, который наносит тяжёлые ранения Аликс. Гордона выручает вортигонт, который освобождает его из-под завала и вызывает своих соплеменников, чтобы исцелить Аликс. Вортигонт с Гордоном отправляются в шахты, чтобы получить помощь, но из-за рухнувшего лифта пути Фримена и вортигонта, поддерживающего жизнь в Аликс, расходятся. Фримену приходится пробираться через гнездо муравьиных львов, которое находится под землёй и частично пересекаются с шахтами.

Глава 2: Кольцо Ворта (англ. This vortal coil)
Добравшись до места назначения, Фримен вновь встречает уже знакомого вортигонта, а также двух повстанцев — Григгса и Шекли. Ожидая появления остальных вортигонтов, Фримену, Григгсу и Шекли приходится отражать атаки муравьиных львов из четырёх тоннелей, используя самодельную систему сигнализации, предупреждающую о приближении львов, перепрограммированные автоматические пулемёты и мины Альянса. Положение становится всё сложнее, но подоспевшие вортигонты помогают отразить последнюю и самую сильную атаку насекомых.
Для спасения Аликс требуется особый «личиночный экстракт», и для того чтобы добыть его, Гордону и одному из вортигонтов необходимо отправиться вглубь гнезда муравьиных львов. По пути Фримену приходится столкнуться со стражем гнезда муравьиных львов, которого нельзя убивать, так как, по словам вортигонта, это погубит экстракт.
Добыв экстракт, герои доставляют его к вортигонтам, которые исцеляют Аликс. Однако во время исцеления, Фримена, вспользовавшись моментом, «выдёргивает из реальности» G-man и сообщает ему, что необходимо во что бы то ни стало доставить Аликс в Белую Рощу; G-man упоминает, что всегда придавал Аликс некое особое значение. G-man также внушает находящейся без сознания Аликс передать её отцу, чтобы тот был готов к «непредвиденным последствиям». G-man исчезает, а Гордон и вернувшаяся к жизни Аликс намереваются продолжить путешествие в Белую Рощу. Один из вортигонтов берётся показать им путь. Другие вортигонты уходят, чтобы продолжить охоту за Советниками.

Глава 3: Папа Фримен (англ. Freeman pontifex)
Выбравшись из шахт, герои замечают марширующую вдалеке крупную армию Альянса, которая движется в сторону Белой Рощи. Вортигонт говорит, что в лагере повстанцев неподалёку есть автомобиль, с помощью которого можно опередить силы Альянса. Добравшись до лагеря (уничтожив выбравшегося на поверхность стража гнезда муравьиных львов и его сородичей), герои обнаруживают, что после столкновения там войск Альянса, повстанцев и хедкрабов лагерь полон всеми видами паразитов и зомбированных ими людей, включая солдат Альянса. Вортигонт и Аликс, которая вооружилась снайперской винтовкой, остаются прикрывать Гордона, а сам он идёт к автомобилю, который стоит на другом конце моста. Добравшись до машины, Гордон заводит её и не без труда пересекает мост (из-за очередного портального вихря он частично обрушивается). Гордон и Аликс прощаются с вортигонтом и продолжают своё путешествие на машине.

Глава 4: Вооружён и на дороге (англ. Riding shotgun)
Из-за того, что часть дороги разрушена, Фримену и Аликс приходится ехать по объездному пути. По пути им встречается заброшенная, но все ещё работающая станция связи, где они пытаются связаться с Белой Рощей, отбившись от нападения отряда охотников Альянса. Однако из-за слабости сигнала доктор Магнуссон не расслышал предупреждения Аликс о надвигающейся армии Альянса.
Продолжив путь, герои натыкаются на разбившееся транспортное средство Советника Альянса около небольшого посёлка. Они пробираются к его барокамере внутри одного из зданий и обесточивают систему жизнеобеспечения. Вырвавшийся из кокона Советник обездвиживает Фримена и Аликс телекинезом и едва не убивает их, но взрыв системы жизнеобеспечения ранит его и заставляет спасаться бегством. Советник успел вызвать подкрепление, с которым героям приходится сражаться. Когда они продолжают свой путь, за ними в погоню устремляется боевой вертолёт Альянса. Аликс и Гордон добираются до одной из баз Сопротивления, но двигатель машины выходит из строя. Гордон уничтожает вертолёт, забросав его собственными минами при помощи гравипушки.

Глава 5: На радаре (англ. Under the radar)
На базе повстанцев оказалась автомастерская. Аликс занялась ремонтом автомобиля, а Гордон отправляется дальше, чтобы уничтожить преграждающий им путь аванпост войск Альянса, где они установили автоматический пулемет для борьбы с зомби, бредущими из Сити 17. Уничтожив пулемет Альянса, Фримен возвращается в мастерскую — за время его отсутствия повстанцы не только починили машину, но и установили на ней радар, показывающий тайники Сопротивления. Герои продолжают путь, лишь изредка останавливаясь для проверки тайников (в одном из них даже обнаруживается ракетомёт). Около заброшенной гостиницы войска Альянса устраивают засаду против Аликс и Гордона. В конце-концов, герои добираются до Белой Рощи, встретив по пути робота Пса (Пёс уничтожает страйдера, которого нёс сбитый охранниками Белой Рощи транспортёр).

Глава 6: Наш общий недруг (англ. Our mutual Fiend)
В Белой Роще герои снова встречаются с лидером повстанцев и отцом Аликс Илаем Вэнсом. Вместе они направляются в первый отсек ракетной шахты, где Айзек Кляйнер и доктор Магнуссон, переругиваясь друг с другом, готовят к запуску ракету со спутником, который должен закрыть сверхпортал. Аликс передаёт Кляйнеру добытые в Цитадели данные. В этот момент происходит очередная тревога во втором отсеке шахты, и Магнуссон отправляет Фримена разобраться с этой проблемой (по его словам, эти тревоги происходят целый день и виной их служат обычные вороны). Однако истинной причиной этих тревог оказываются внезапно атаковавшие базу элитные силы Альянса. Магнуссон приказывает Фримену изолировать отсек, закрыв створки шахты, что тот и делает (при этом видно через люк отсека ракетной шахты одного из Советников, который, вероятно, возглавлял атаку).
После этого Гордон, Аликс, Илай и Кляйнер просматривают видеопослание, записанное Джудит Моссман. В нём Моссман сообщает об обнаружении считавшегося потерянным корабля «Борей», на борту которого предположительно находится опасная телепортационная технология, разработанная в Лаборатории исследования природы телепортации компании Aperture Science. Кляйнер предлагает использовать технологию против Альянса, но Илай решительно отвергает это предложение, помня катастрофу в Чёрной Мезе. Сначала он решает сам лететь туда, чтобы спасти Джудит и уничтожить «Борей», но Аликс убеждает его, что она и Гордон справятся. Внезапно, на пустом экране на мгновение появляется G-man, и Аликс передаёт отцу его слова: «Будь готов к непредвиденным последствиям». Шокированному Илаю становится плохо, и когда Аликс выходит, чтобы принести ему чаю, он рассказывает Гордону о том, что в последний раз слышал эти слова в Чёрной Мезе, незадолго до катастрофы. По его словам, именно G-man доставил образец аномального материала, из-за которого начался каскадный резонанс, и что именно G-man тогда спас маленькую Аликс из Чёрной Мезы.
В этот момент доктор Магнуссон даёт Фримену новое задание — защитить Белую Рощу от массированной атаки боевых страйдеров, которые пытаются сорвать запуск ракеты. Магнуссон обучает Фримена обращению с созданным им оружием против страйдеров. Тем временем, техники повстанцев модернизируют машину Гордона — радар теперь снабжён детектором движения (показывает врагов красными точками) и посылает сигнал на костюм, чтобы её (машину) было легче найти. Фримен и повстанцы принимают тяжелый бой против страйдеров в долине около базы, так как любой из них способен уничтожить ракету, подойдя к шахте на расстояние, необходимое для выстрела. Кроме того страйдеры постепенно разрушают укрепления повстанцев в постройках долины, где содержатся боеприпасы и мини-порталы, через которые доставляют устройства Магнуссона.

Глава 7: T-Минус Один (англ. T-minus one)
За успешное отражение атаки именно Фримену доверяют начать запуск ракеты. Старт проходит успешно, после чего Магнуссон и Кляйнер остаются в командном центре, чтобы контролировать состояние спутника, а Гордон, Аликс и Илай выходят наружу и наблюдают за закрытием сверхпортала.
За время, пока подготавливался запуск ракеты и отражалось нападение страйдеров, Аликс успела починить и заправить старый вертолёт Ми-17, чтобы без промедления вылететь с Гордоном на поиски «Борея» и Джудит Моссман. Илай отправляется в вертолётный ангар, чтобы проводить героев в их скорое путешествие. В этот момент в ангар врываются двое Советников Альянса, один из которых убивает Илая Вэнса. Другой Советник обездвиживает Фримена и Аликс телекинезом и уже готовится убить Аликс, но их спасает пришедший на помощь Пёс, заставив Советников отступить. Игра заканчивается видом Аликс, плачущей над телом погибшего отца.