Оригинальное название третьей игровой главы — «Freeman pontifex» — ссылается на то, что в конце этой главы игроку предстоит починить разрушенный портальным вихрем мост: слово «pontifex» переводится с латинского языка как «строитель мостов». Кроме того, понтифик — это один из титулов папы римского; отсюда — русское название главы в переводе от «Буки» «Папа Фримен».

Название шестой игровой главы, «Our mutual fiend», основано на игре слов «Friend» (русск. друг) и «Fiend» (русск. враг) и является аллюзией к предпоследнему роману Чарлза Диккенса — «Наш общий друг» (англ. Our mutual friend).

В игре есть пасхальное яйцо, связанное с популярным сериалом «Остаться в живых» (Lost). На уровне «Наш общий недруг» игрок проходит во второй отсек через шлюз, где его встречает вортигонт Урия. В этом шлюзе есть бак, за которым скрыта секретная комната. В ней на стене изображён логотип Белой Рощи, стилизованный под логотипы станций из Lost; так же там стоит монитор с таинственными числами из сериала (4 8 15 16 23 42). Идея этого пасхального яйца была в том, что многие из разработчиков игры замечали отсылки к Half-Life в сериале, и в переписке с его создателем Дж. Дж. Абрамсом Гейб Ньюэлл, директор Valve, обещал сделать в Episode Two отсылку к Lost. Также название главы «Наш общий недруг» — отсылка к одной из книг, найденной выжившими на станции «Лебедь» — «Наш общий друг».

В главе «Наш общий недруг», в комнате, где персонажи просматривали видеопослание доктора Моссман, есть огороженный сеткой угол, где за ящиками можно найти старую крышку от зарядного устройства H.E.V-костюма (она же валялась на свалке в Восточной Чёрной Мезе в Half-Life 2).

Последняя фраза в игре, произносимая Аликс сквозь слёзы после гибели отца, не была переведена ни на один язык — ни дубляжем, ни субтитрами. Весь мир мог слышать лишь «Oh my God, oh my God… Don’t leave me…» (русск. О, Господи, о, Господи... Не оставляй меня...), что в субтитрах обозначалось просто как <рыдания>.